La prima stagione è ambientata subito dopo il film omonimo, e vede Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker e la sua giovane Padawan Ahsoka Tano impegnati nella battaglia contro i Separatisti, guidati dal Conte Dooku e dal malvagio Generale Grievous. Vengono riproposti personaggi che sono presenti nel film, come la sicaria Asajj Ventress e Ziro the Hutt ma ne vengono introdotti anche di nuovi come il pirata Hondo Ohnaka, e i cacciatori di taglie Cad Bane e Aurra Sing. I Separatisti, in questa stagione, tentano di ampliare i loro domini invadendo diversi pianeti come Naboo, Rugosa, Maridun e Ryloth. Inoltre sperimentano nuove armi micidiali come un cannone ionico (usato per rendere inermi le navi, prima di distruggerle, senza lasciare quindi nessun sopravvissuto) e il virus Blue Shadow, che può contaminare l'intera Galassia. Nelle prime puntate, la Repubblica ottiene un'importante vittoria con la distruzione della nave di Grievous Malevolence. Nell'ultima puntata, lo spietato cacciatore di taglie Cad Bane riesce a liberare Ziro the Hutt dopo aver tenuto in ostaggio diversi senatori a nel palazzo della Repubblica a Coruscant.
