Ambientato nel 1999, il film inizia col ritorno del giovane Takuya al laboratorio militare dal quale tempo prima era stato cacciato per diverbi coi superiori. Qui ritrova il suo amico Haruka ma, fra flash-back che rievocano i pericolosi esperimenti sulla scoperta della particella Malda e sviluppi imprevedibili che minacciano la sicurezza e la pace del nostro pianeta, scoprirà che l'ex-collega è parecchio cambiato. La sua volontà pare infatti controllata da qualche arcana entità e forse solo Takuya potrà evitare il peggio.
