Tokyo heeft de 'Jongeren Protectie Wet' ingevoerd: het is verboden voor minderjarigen om 's nachts buiten te zijn en het internet wordt gemonitord. Sirrut, een ondergrondse organisatie van rebellen, vecht terug tegen de duistere heerser van Tokyo, Fumito Nanahara. Ze speuren het internet af naar informatie om hem in diskrediet te brengen en doen een gruwelijke ontdekking: ze vinden aantekeningen van TOWER, een mysterieuze organisatie die naar zeggen experimenten uitoefent op mensen, en aanwijzingen dat deze opgegeten worden.
