Hayato Hayasugi (zijn achternaam is een woordspeling op de woorden voor 'te snel') en andere kinderen zullen dienen als dirigenten om de Shinkalion te besturen. De Shinkalion-robots zijn verschillende modellen van echte Japanse kogeltreinen (shinkansen) die veranderen in robots om een onbekend kwaad te bestrijden om de veiligheid en vrede van Japan te beschermen. De kinderen moeten samenwerken met de volwassenen van het Shinkansen Ultra Evolution Institute (SUEI) om een monster te verslaan dat lijkt op een gitzwarte kogeltrein.
