Seizoen drie begint vlak na het einde van seizoen twee: wanneer een pas gewijde David en Kristen elkaar kussen. De twee moeten niet alleen door deze beladen nieuwe realiteit navigeren, maar kampen ook met Davids betrokkenheid bij 'de entiteit', een spionage-eenheid binnen de katholieke kerk. Ondertussen merkt Ben dat zijn hersens breken door hun onopgeloste zaken en wendt hij zich tot zijn zus voor hulp.
