År 2031: Tokyo-området. Det meste af den menneskelige race er blevet udslettet af den parasitiske Gastrea. En del af Anti-Gastrea bevægelse, gymnasieelev Satomi Rentaro arbejder som civil officer for Tendo Borgerlige Securities. På en mission, han møder en mistænkelig mand i en maske og en smoking: Hiruko Kagetane
