Le commandant Zentradi Britai Kridanik et son archiviste, Exsedol Folmo, commencent à soupçonner que les humains (ou "miclones") sont la "Protoculture" depuis longtemps perdu et envoyernt des vagues d'attaque pour tester leur théorie. Lors d'une attaque Zentradi, Global ordonne une transformation du Macross pour lutter dans ce mode. Toutefois, le passage se révèle désastreux pour les civils innocents et les infrastructures. Roy et Minmay convainquent Hikaru se joindre à la flotte UN Spacy sur le Macross pour qu'il puisse continuer à voler.
